식육의 가공시 실시되는 화학물질의 검사에는 크게 두가지가 있다.
하나는 단시간에 가능한 ‘속성테스트’라고 불리는 검사와 다른 한가지는 각 작업장으로부터 샘플링을 하여 행정기관의 검사소에서 실시하는 검사로 이는 ‘잔류물질 검사 프로그램 (NRP)’ 의 한 단계이다.

속성테스트는 만일을 위해 출하시에도 하는 검사이다. 한편 NRP의 검사는 생산단계에서 잔류물질에 의한 문제가 생기지 않도록 철저한 감시대책을 세우기 위한 정보수집등의 활동이 포함된다.
FSIS에서는 매년초 그 해의 감시대상이 되는 화학물질등을 정하고, 1년 동안 데이터를 수집한다. 그리하여 현재의 법규에는 규제의 대상이 아닌 것이 발견되거나 사용기준이 정해져 있음에도 불구하고
미비한 점이 발견되는 경우에는 새로운 기준을 만드는 등의 대책을 세운다. 반대로 대부분의 검사에서 발견되지 않는 물질들은 그 물질에 대한 대책이 잘 시행되고 있음을 나타내 주는 것이다.

검사대상이 되는 육류는 매일 아침에 각 가공장의 검사관에게 통보된다. 즉 사전통보 없는 테스트를 매일 진행 하고 있는 것이다.

FSIS에서는 생산부터 유통, 소비까지의 일련의 과정 중에서 식중독의 위험성을 최소화하기 위하여 HACCP 시스템을 도입하고, ‘병원균억제프로그램’을 도입하였다.
‘세균성 식중독 대응’에 소개한 HACCP시스템 도입을 위한 기초 데이터 수집을 위해 육류에는 보통, 어느 정도의 미생물이 존재하는가를 알아내고자 소고기, 돼지고기, 닭고기, 칠면조 고기와,
각 육류의 다짐육에 대하여 대규모의 기초적 조사가 실시되었다. 예를 들어 도축직전의 소에 대하여 1993년 12월부터 1년간의 정보 수집을 한 결과 해체직후의 육류에서 나타난 병원균의 수는 매우 적었다.
그 결과 해체후의 취급에 대한 관리가 중요한 요소임을 알게 되었다. 그리하여 해체 후의 취급에 중점을 둔 HACCP의 최종규칙이 작성된 것이다.

병원균 억제 프로그램은 HACCP의 일부분으로 포함되어 운영되고 있다.
심각한 식중독을 일으키는 장출혈성 대장균(O-157) 또는 살모넬라균에 대한 특별 테스트의 의무화등이 그 예다. 이외에도 병원균을 확실하고, 보다 신속하게 검출하기 위한 검사 방법의
개발 및 상하기 쉬운 다짐육의 취급방법의 표시에 대한 검사등도 포함되어 있다.

화학물질의 잔류기준에 대한 위반이 발견되면 위반을 한 생산자에게 통지하고, 새로운 검사가 실시된다. 물론 해당 육류는 폐기되며 위반자의 이름도 공개된다. 그리고 개선책을 도입하여 이에 대한 조사를
의무적으로 받아야 하며 조사 후 안전하다는 것이 명확해질 때 가지 위반한 제품은 정부의 감독관리를 받게 된다.

미생물 기준에 대한 위반이 발견되는 경우에도 당연히 그 제품은 폐기처분되고, 해당 가공장의 이름도 발표된다. 그리고 FSIS의 검사관의 지도아래 개선책을 마련하게 된다.
그러므로 위반한 생산자와 가공장은 경제적으로 큰 손실을 입고, 사회적인 신용까지 잃게 된다. 만약 고의적인 위반이 있다면 영업정지를 포함한 형사처벌도 받게된다.

HACCP도입후 미국에서는 납품업자의 HACCP시스템의 시행과 그 준수가 자재구입의 하나의 기준이 되었기 때문에 위반이 공표될 경우 위반을 한 업자가 사업을 지속하는 것은 거의 불가능하게 된다.
그러므로 생산자건 가공업자건 위반을 하지 않기 위하여 세심한 주의를 기울일 수 밖에 없다.